笛卡尔认为，心和身、精神和肉体，是两个完全不同的、可以独立存在的实体，既是在本质上相分别的，又是在实际上相统一的。笛卡尔身心区别的证明，贯穿于《第一哲学沉思》的六个沉思中，他从三个方面对身心区别作为了证明：
首先，运用普遍怀疑的方法证明身心区别。笛卡尔列举了很多可以怀疑的事物，梦是骗人的，感觉是骗人的等等，说明了万物都是值得怀疑的，但是有一点是毋容置疑的，即在怀疑的我的存在，一个在怀疑的东西，是不能不存在的。
因此笛卡尔发现了一条确实的真理——“我思故我在”。外部世界、身体等的存在是可以怀疑的，而我的灵魂、精神的存在是不可怀疑的。
因为这里面包含着一种必然的联系，必须存在，才能思想。如果说一个在怀疑、在思想的我是不存在的，这是矛盾的。至于其他一切事物，我们的身体及其各种感官，一切外部事物，它的存在是可以怀疑的，而我不能怀疑我的存在。
相对于物体来说，灵魂更容易认识。通过我的自我意识反思来认识灵魂，是直接的认识。而对物质的认识是间接认识。根据我们的感觉作出的判断往往是错误的。因而对于物体的认识不能靠感觉，不能靠想象，只能靠理智的知觉。
但是我们对于外部事物进行的每一种认识都是思想，所以同时也就是对精神、灵魂自身的一种认识，因为每一种对象意识，都是自我意识的一种表现。对于我的本性的认识，比对于物体本性的认识更直接、更容易。
其次，从本体的角度证明身心区别。笛卡尔证明了物体和精神、灵魂和肉体在本体上是属于不同类型的。笛卡尔将运动、形状、大小以及一切可以被领会为不占空间的其他东西，称之为物体；将理解、意愿、想象、感觉等等，称之为精神。
他认为，物体和精神，并不是一个是另一个的样式，它们都是一个完全的实体。并且是两个完全不同、甚至对立的实体。它们是互不相容的，这两个实体的属性和样式都是不同的，精神的属性是思维，物体的属性是广延，而且它们各自有不同的行为和样式。
物体性的行为和理智性的行为没有任何关系，广延和思维完全不同，即精神和物体无论是本性上，还是在样式上都不同，它们是两种全然不同的实体。虽然我有一个肉体，并且非常紧密地结合在一起，但是我的精神可以没有肉体而存在。
大脑是一个物质性的器官，而最能体现精神的特性的，是一种纯智力活动；物质性的大脑对于纯智力活动是没有任何帮助的。反之，物体性的活动也不依赖于精神。可见，精神和物体，不仅是一个可以不依赖于另一个而存在，同时，一个可以不依赖于另一个而活动。
笛卡尔认为精神是不可分的，但是肉体是可分的。凡是有广延的东西，物体性的东西，都是可分的，但是灵魂是不可分的。灵魂是单一的完整的东西。
而且肉体是可灭的，但是精神、灵魂是不朽的。肉体是很容易毁灭的，灵魂不是由一些偶性组合而成的，领会、希求、感觉不过是同一实体的不同功能，灵魂不会随着肉体的肢解而和肉体一起毁灭。
最后，从认识论角度证明身心区别。笛卡尔强调，只要我们清楚分明地领会到两个东西是有分别的或不同的，那么它们就确实是有分别的或不同的。这是因为，上帝是全能的，人类所能够将人类能够想象到的、一切可能的东西，都变为现实。
因此，在笛卡尔看来，上帝赋予了思维一种无比强大的客观力量，只要思维设想两个事物是有不同的，它们就确实是存在区别的。前面证明心身分别，只是从事物的本质上进行的分析，认为它们确实是不同的或有分别的，但是很难说这种分别是实在的，或它们实际上是有分别的。
而在第六个沉思中才是证明精神和物体、灵魂和肉体是完全、真正地、实实在在的有分别的。在这里有两个原因：
第一，因为在前五个沉思中还没有证明外部事物、肉体的实际存在，只是说物体、肉体在本质上是不同于精神和灵魂，但是除了一开始就肯定了我的存在之外，还没有肯定物质、肉体的存在，所以，它们之间没有实在的区别。
到了第六个沉思，不仅对物体有了一个清楚分明的观念，而且还证明了物体确实存在，所以才可能说灵魂和肉体之间是有实在的区别的。
第二，在第五个沉思之前，还没有完全证明上帝的存在，如果对上帝全知、全能、无限完满缺乏认识，我们就不能理解为什么我所领会有分别的东西，会在实际上确实有分别。
笛卡尔第六个沉思得出的结论就是，只要能把两个东西分开来领会，不相互牵涉，就说明这两个东西实际上有区别。精神和肉体是可以彼此分开来理解的，所以精神和肉体实际上是有区别的。
笛卡尔的二元论标明了精神和肉体的分裂，人自身的分裂，由此出发，他也将世界二元化，世界分裂为遵循着，完全不同发展规律的两大对立世界，即物质世界和精神世界。身心二元论思想，不但对近代哲学而且对近代科学，都产生了极其深远的影响。
对于近代哲学，它直接地提出了身心二元论思想，使哲学基本问题更加鲜明化了，为近代哲学提出了一个长久的主题；对于科学来说，将世界分为精神世界和物理世界，更进一步地促使人们，分别的对于这两大世界去进行深入的研究，寻找各自不同的规律，对于自然科学和人文科学的发展起了极大的促进作用。
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